El síndrome reproductivo y respiratorio porcino (PRRS) causa importantes pérdidas económicas en la industria porcina. Sin embargo, los mecanismos moleculares que subyacen a las respuestas sistémicas comunes y específicas del tipo de célula durante la infección por el virus PRRS (PRRSV) no se conocen bien. En este estudio, recogimos datos de viremia, niveles de anticuerpos y datos de secuenciación de ARN de sangre total obtenidos de ocho lechones infectados con PRRSV. Utilizamos un enfoque de deconvolución celular para calcular el enriquecimiento del tipo de célula, construimos una red de coexpresión génica en serie temporal con genes expresados diferencialmente y realizamos anotaciones funcionales. Se identificaron tres módulos significativos dentro de la red. Los cambios asociados con la viremia revelaron una expresión regulada al alza de genes relacionados con la actividad antiviral. En los módulos específicos de células T y células NK, la infección condujo a un aumento de la población de células T y a una regulación positiva de los genes relacionados con las respuestas de defensa de las células T. Por el contrario, en el módulo específico de monocitos y neutrófilos, los genes implicados en las respuestas inflamatorias se regularon a la baja debido a una disminución de la proporción de monocitos. Este estudio destaca las actividades antivirales de series temporales asociadas con la viremia y los cambios transcriptómicos asociados con las respuestas inmunes en tipos celulares específicos. Los hallazgos proporcionan información completa sobre las respuestas del huésped a la infección por PRRSV, incluidos los biomarcadores de diagnóstico.