Resumen

Las muestras fecales se utilizan ampliamente como indicador de la microbiota intestinal grueso; Sin embargo, las características fenotípicas (por ejemplo, color y consistencia) pueden asociarse con perfiles microbianos divergentes, especialmente en torno al destete, cuando la dieta y la adaptación fisiológica alteran rápidamente la función intestinal. La relación entre el fenotipo fecal, el tipo de muestra y la microbiota intestinal de lechones en condiciones fisiológicas sigue siendo poco comprendida. Este estudio investigó las comunidades bacterianas en diferentes fenotipos fecales de lechones poco antes y inmediatamente después del destete. La consistencia fecal de 192 lechones distribuidos en dos lotes replicados se puntuó diariamente desde el día de vida (DoL) 28 hasta el 36, y se recogieron muestras de hisopo fecal o rectal en DoL28 y DoL33. Las muestras se clasificaron por tipo (heces/hisopo), color (marrón/amarillo) y consistencia (bolas/líquido). Se extrajo ADN para cuantificar copias totales de genes bacterianos y secuenciar genes de ARNr 16S, y la composición microbiana se analizó utilizando Quantitative Insights Into Microbial Ecology 2 (QIIME2), Statistical Analysis System (SAS) y R. La consistencia fecal cambió notablemente con el tiempo, pasando de ser predominantemente en forma de bola en DoL28-32 a heces más blandas posteriormente (p < 0,001). La edad influyó fuertemente en la estructura de la microbiota, con aumentos notables en la abundancia relativa de Prevotella y Alloprevotella de DoL28 a DoL33, mientras que la abundancia de Escherichia, Methanobrevibacter y Fusobacterium disminuyó. Las comunidades microbianas diferían entre tipos de muestras, con hisopos que potencialmente reflejaban más los taxones asociados a la mucosa que las muestras fecales. Los índices de Shannon y Simpson indicaron una disminución de la diversidad en heces amarillas y líquidas en DoL28 (p < 0,001). Los hisopos y heces líquidas amarillas en DoL28 mostraron mayores abundancias relativas de Escherichia, Bacteroides y Fusobacterium, mientras que las heces marrones en forma de bola se enriquecieron en Lachnospiraceae, Prevotella y Lactobacillus en ambos días de muestreo (p < 0,05). En general, cada fenotipo fecal mostró una firma bacteriana distintiva, y el tipo de muestra influyó en la composición de la comunidad capturada. El seguimiento de los fenotipos fecales junto con la selección de tipos de muestras adecuados puede mejorar la interpretación de los datos del microbioma y ofrecer un enfoque práctico y no invasivo para evaluar la salud intestinal durante el periodo crítico de destete.