La diarrea epidémica porcina (PED) es una enfermedad intestinal altamente contagiosa debido a la infección por el virus de la diarrea epidémica porcina (PEDV). Es extremadamente perjudicial para los lechones recién nacidos y ha causado enormes pérdidas económicas a la industria porcina mundial. En este estudio, se aislaron con éxito tres cepas de PEDV de G2a PEDV-WF/2023, G2b PEDV-SX/2024 y PEDV-HS/2024 a partir de muestras de tejido del intestino delgado con el análisis de sus características de estructura molecular, características genéticas y patogenicidad. En particular, estas tres cepas de PEDV tenían múltiples mutaciones aa únicas y una amplia N-glicosilación en la región D0, S1-NTD, epítopo COE y SS6, respectivamente. Por lo tanto, sus estructuras eran diferentes en comparación con las cepas CV777 y PT-P5. Además, las tres cepas de PEDV causaron síntomas clínicos graves en lechones de 1 día de edad después de la infección. Entre ellos, G2a PEDV-WF/2023 fue el más perjudicial para los lechones, con altos niveles de ARN viral in vivo. Por el contrario, PEDV-HS/2024 mostró una patogenicidad relativamente débil para los lechones, pero también causó la muerte de los lechones. Podría atribuirse a la aparición de mutaciones individuales consistentes con la secuencia de aminoácidos del subtipo G1b en la cepa PEDV-HS/2024. Los hallazgos de este estudio nos permiten confirmar que la cepa G2a PEDV-WF/2023 es actualmente una de las cepas epidémicas más dañinas para los lechones. Este estudio puede beneficiar nuestra comprensión de las características de la estructura molecular, la tendencia de evolución y la dinámica de transmisión de las cepas epidémicas en China. Además, puede proporcionar una referencia potencial para formular vacunas PEDV más específicas, prevenir y controlar esta infección y frenar aún más la propagación entre especies de PEDV.