Yue Zhang^1,2†Fangting Dong^1†Yuhang Zhang¹Yutong Feng¹Jinwang Hu¹Yuhang Li¹Lu Xia^1,3Shaopo Z^1,3Hao Lu^4*Zhanyong Wei^1,2*

• ¹Facultad de Medicina Veterinaria, Universidad Agrícola de Henan, Zhengzhou, China
• ^{número arábigo}Ministerio de Educación Laboratorio Clave para Patógenos Animales y Bioseguridad, Zhengzhou, China
• ³Laboratorio Clave de Vigilancia de Patógenos de Alimentos para Animales de la Provincia de Henan, Zhengzhou, China
• ⁴Laboratorio de Biología de Moléculas de la Universidad Normal de Zhengzhou, Zhengzhou, China

Introducción: La coinfección con el deltacoronavirus porcino (PDCoV) y el virus de la diarrea epidémica porcina (PEDV) es una de las principales causas de diarrea aguda en los lechones, lo que supone un importante reto para la industria porcina. La detección y el control tempranos de estos dos virus requieren herramientas de diagnóstico altamente sensibles. Desarrollamos un nuevo ensayo de PCR digital con chip (cdPCR) que utiliza dos sondas para la detección cuantitativa simultánea de PDCoV y PEDV en muestras clínicas.

Métodos: En este estudio, se optimizó sistemáticamente el sistema de reacción dual de cdPCR, incluida la temperatura de recocido y la relación de concentración cebador-sonda. Además, validamos el método desarrollado en cuanto a especificidad, sensibilidad, linealidad y repetibilidad. Finalmente, se aplicó el método para evaluar las muestras biológicas con bajas cargas virales.

Resultados: El ensayo dual de cdPCR demostró una sensibilidad excepcional, con límites de detección (LoD) de 1,83 ± 0,15 copias/μL para PDCoV y 0,99 ± 0,07 copias/μL para PEDV, alta especificidad (sin reactividad cruzada con TGEV, PSV o PRV), linealidad sobresaliente (R² = 0,9972 para PDCoV y R² = 0,9969 para PEDV) y reproducibilidad (CV intra e interensayo < 6%). La validación en 148 muestras clínicas indica que nuestra cdPCR dual es más sensible que la qPCR para detectar infecciones únicas y mixtas. En particular, este ensayo puede cuantificar eficazmente PDCoV y PEDV en muestras de aerosoles ambientales.

Discusión: Nuestros resultados demuestran que este ensayo dual de cdPCR ofrece una plataforma altamente sensible, estable y precisa para la cuantificación simultánea de PDCoV y PEDV. Representa una herramienta valiosa para el monitoreo temprano de enfermedades (particularmente en escenarios de vigilancia de aerosoles e infecciones mixtas con bajas cargas virales), apoyando así la prevención efectiva de la diarrea viral porcina y el crecimiento sostenible de la industria porcina.