Cheng-Shun Hsueh¹Michael Zeller^2*Amro Hashish²Olufemi Fasina¹Pablo Piñeyro²Oluwatobiloba Aminu²Mohamed El-Gazzar²Yuko Sato^2*

• ¹Departamento de Patología Veterinaria, Facultad de Medicina Veterinaria, Universidad Estatal de Iowa, Ames, IA, Estados Unidos
• ^{número arábigo}Departamento de Diagnóstico Veterinario y Medicina Animal de Producción, Facultad de Medicina Veterinaria, Universidad Estatal de Iowa, Ames, IA, Estados Unidos

La industria avícola de EE. UU. sufre importantes pérdidas económicas debido a las infecciones por reovirus aviar (ARV), que causan principalmente artritis / tenosinovitis en pavos y pollos. La aparición de brotes desde 2012 pone de manifiesto la necesidad urgente de mejorar las herramientas epidemiológicas. Dada la historia evolutiva distinta de cada segmento del virus y la resolución limitada de los métodos de tipificación existentes para ARV basados en un solo gen, se desarrolló un nuevo esquema de genotipado utilizando un enfoque de genotipado basado en constelaciones para mejorar el rastreo de fuentes y las estrategias de control, especialmente para ARV en pavos. Se seleccionó y organizó un conjunto de datos de 199 secuencias de ARV de pavos hospedantes en función de las distancias de las ramas de los árboles filogenéticos de máxima verosimilitud utilizando TreeCluster. El desempeño de la agrupación se evaluó y optimizó de acuerdo con los criterios establecidos descritos en este estudio. Los métodos propuestos seleccionaron los segmentos genómicos M2, S1 σC y L3 debido a su reordenamiento no aleatorio y su importancia biológica. El nuevo esquema identificó 8 genotipos principales y reveló claros vínculos epidemiológicos entre las granjas de cría de pavos y las granjas de tipo cárnico, así como fuentes comunes compartidas entre diferentes granjas de tipo cárnico, lo que sugiere vías de transmisión tanto vertical como horizontal. Además, se detectaron eventos de reordenamiento utilizando nuestro novedoso esquema de tipificación, lo que destaca la compleja dinámica evolutiva de los ARV. Al correlacionar los patrones genotípicos con los datos epidemiológicos, este estudio proporciona una base para mejorar el monitoreo de ARV y el manejo de enfermedades.