David J. Holthausen^1*Darrell O. Bayles²John D. Neill¹Rohana P. Dssanayake¹Shollie M. Falknberg³Daniel W. Nielsen¹Anna K. Goldkamp¹Harish Menghwar^1,4Eduardo Casas¹

• ¹Unidad de Investigación de Enfermedades e Inmunología de Rumiantes, Centro Nacional de Enfermedades Animales, USDA, Servicio de Investigación Agrícola, Ames, IA, Estados Unidos
• ^{número arábigo}Unidad de Investigación de Enfermedades Bacterianas Infecciosas, Centro Nacional de Enfermedades Animales, USDA, Servicio de Investigación Agrícola, Ames, IA, Estados Unidos
• ³Departamento de Patobiología, Investigación en Salud Animal, Facultad de Medicina Veterinaria, Universidad de Auburn, Auburn, AL, Estados Unidos
• ⁴Programa de Participación en la Investigación del ARS, Instituto de Ciencia y Educación de Oak Ridge (ORISE), Oak Ridge, TN, Estados Unidos

El virus de la diarrea viral bovina (BVDV) es una preocupación económica importante para la industria ganadera mundial. Esto se atribuye al mayor riesgo de infección transplacentaria por BVDV durante el embarazo, antes de una maduración suficiente del sistema inmunológico fetal. Esto da como resultado pérdidas reproductivas significativas a través del aborto espontáneo, así como el nacimiento de crías que están infectadas persistentemente y son inmunotolerantes a la cepa BVDV no citopática. Estos bovinos infectados persistentemente actúan como reservorios y son la principal fuente de transmisión del VDVB dentro del rebaño. Anteriormente, informamos análisis bioinformáticos que muestran que los genotipos BVDV1a y 1b generan distintos conjuntos de genomas virales de deleción diversos (DelVG) durante el ciclo de vida viral natural. Los DelVG se generan omitiendo eventos que ocurren durante la síntesis del genoma por la maquinaria de replicación viral propensa a errores. Estos genomas deficientes en replicación desempeñan muchas funciones en las interacciones huésped-patógeno, contribuyendo al establecimiento de la persistencia viral. Se analizaron un total de 21 aislamientos de campo del genotipo BVDV2 para detectar la presencia y caracterización de DelVG utilizando lecturas de secuenciación del genoma Illumina MiSeq BVDV2. Las cepas BVDV2 generan significativamente más DelVG de proteína no estructural 2 (NS2) que cualquier otra región del genoma, y más del 90% de esas deleciones tienen uniones 5 ‘y 3’ dentro de la región NS2. Las cepas BVDV2c producen aproximadamente 150 veces más lecturas de DelVG que las cepas BVDV2a. De los aislados de BVDV2a consultados, las cepas citopáticas de BVDV2a generaron el doble de lecturas de NS2 DelVG en comparación con las cepas no citopáticas de BVDV2a.