El análisis del transcriptoma multipoblacional del ganado vacuno después del destete a su llegada valida aún más los biomarcadores candidatos para predecir la enfermedad respiratoria bovina clínica

El análisis del transcriptoma multipoblacional del ganado vacuno después del destete a su llegada valida aún más los biomarcadores candidatos para predecir la enfermedad respiratoria bovina clínica, foto veterinario y vaca

El análisis del transcriptoma multipoblacional del ganado vacuno después del destete a su llegada valida aún más los biomarcadores candidatos para predecir la enfermedad respiratoria bovina clínica

 

Resumen

La enfermedad respiratoria bovina (ERB) sigue siendo la principal enfermedad infecciosa en el ganado vacuno después del destete. El objetivo de esta investigación fue contrastar los transcriptomas de sangre a la llegada del ganado derivado de dos poblaciones distintas que desarrollaron BRD en los 28 días posteriores a la llegada frente al ganado que no lo hizo. Se seleccionaron cuarenta y ocho muestras de sangre de dos poblaciones para la secuenciación del ARNm en función de la distribución uniforme del desarrollo (n = 24) o la ausencia (n = 24) de BRD clínica dentro de los 28 días posteriores a la llegada; el ganado que desarrolló BRD se estratificó aún más en cohortes de gravedad de BRD en función de la frecuencia del tratamiento antimicrobiano: tratado una vez (tratado_1) o tratado dos veces o más y/o muerto (tratado_2+). Las lecturas secuenciadas (~ 50 M/muestra, 150 pb de extremo emparejado) se alinearon con el ensamblaje del genoma bovino ARS-UCD1.2. Se identificaron ciento treinta y dos genes únicos expresados ​​diferencialmente (DEG) entre grupos estratificados por gravedad de la enfermedad (sanos, n = 24; tratados_1, n = 13; tratados_2+, n = 11) con edgeR (FDR ≤ 0,05). Se predijo que los genes expresados ​​diferencialmente en el tratado_1 en relación con el sano y el tratado_2+ aumentarían la activación de los neutrófilos, la cornificación/queratinización celular y la producción de péptidos antimicrobianos. Se predijo que los genes expresados ​​diferencialmente en tratados_2+ en relación con los sanos y tratados_1 aumentarían la activación alternativa del complemento, disminuirían la actividad de los leucocitos y aumentarían la producción de óxido nítrico. Curvas de características operativas del receptor (ROC) generadas a partir de datos de expresión para seis DEG identificados en nuestros estudios actuales y anteriores (MARCO, CFB, MCF2L, ALOX15, LOC100335828 (también conocido como CD200R1 ) y SLC18A2 ) demostraron una previsibilidad de buena a excelente (AUC: 0,800–0,899; ≥ 0,900) para clasificar la aparición y la gravedad de la enfermedad. Esta investigación identifica biomarcadores candidatos y mecanismos funcionales en la sangre de llegada que predijeron el desarrollo y la gravedad de BRD.

Leer trabajo completo

Scott, MA, Woolums, AR, Swiderski, CE et al. El análisis del transcriptoma multipoblacional del ganado vacuno después del destete al llegar valida aún más los biomarcadores candidatos para predecir la enfermedad respiratoria bovina clínica. Informe científico 11, 23877 (2021). https://doi.org/10.1038/s41598-021-03355-z

 

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